Congés maladie pour les stagiaires et les titulaires

Droit à congé, modalités de demande, conséquences du congé
mercredi 16 octobre 2024
par  Secteur emploi

Vous vous posez des questions sur les différents types de congé maladie, sur les démarches à effectuer pour les demander ? Vous trouverez de nombreuses informations dans notre article.

[Mise à jour du 22 février 2025]

A compter du 1er mars 2025, l’indemnisation des trois premiers mois de congé maladie ordinaire ne sera plus que de 90% du traitement (100% auparavant). Une mesure injuste et irresponsable !

Avec la promulgation de la loi de finances pour 2025 (article 189 de la loi n°2025-127 du 14-2-2025), et la modification de l’article L822-3 du Code général de la Fonction publique, la diminution de l’indemnisation des arrêts maladie des fonctionnaires est officialisée et entrera en vigueur au 1er mars 2025.
Voici ce qu’indique l’article L822-3 du CGFP modifié :

"Au cours de la période définie à l’article L. 822-2, le fonctionnaire en congé de maladie perçoit :

1° Pendant trois mois, 90 % de son traitement ;

2° Pendant les neuf autres mois, la moitié de son traitement."

La réforme s’applique à tous les fonctionnaires et s’applique aux congés de maladie ordinaire accordés à compter du premier jour du mois suivant la publication de la loi, c’est-à-dire le 1er mars 2025.
Retrouvez dans cet article nos analyses sur cette mesure, synonyme de régression sociale.

 Différents types de congés


  • Congé maladie ordinaire (CMO)
  • Congé longue maladie (CLM)
  • Congé longue durée (CLD)
Type de congé
Droit à congé
Plein traitement
Mi-traitement ou autre
CMO
12 mois
3 mois*
9 mois (50%)
CLM
3 an
1 an
2 ans (60%)
CLD
5 ans
3 ans
2 ans (50%)

* L’indemnisation des 3 premiers mois de congé maladie ordinaire sera de 90% du traitement, à compter du 1er mars 2025.


 Jour de carence


Appliqué à tout agent public, depuis le 1er janvier 2018 au premier jour d’arrêt de travail.
Il ne s’applique pas pour les situations suivantes :

  • Congé imputable au service
  • CLM / CLD / congé de grave maladie
  • Congé de maternité / congé pathologique ou durant la grossesse

Pour les collègues en ALD : un seul jour de carence est prélevé par période de trois ans.
Notre revendication : suppression du jour de carence !

En cas de nouveau congé, pour la même maladie, le jour de carence n’est pas décompté pour le deuxième arrêt, à condition que :

  • le médecin coche la case prolongation ;
  • le délai entre la fin de l’arrêt initial et le début de la prolongation ne soit pas de plus de 48h.

Pour les contractuel∙les dont l’ancienneté est inférieure à 4 mois, délai de carence de trois jours !

COVID 19 : la loi n° 2020-1721 du 29 décembre 2020 avait suspendu le délai de carence jusqu’au 31/12/2022 pour les agents atteints du Covid.

Mise à jour du 27 octobre 2024

Dans le cadre du débat sur le PLFSS (projet de loi de finance de la sécurité sociale), le gouvernement a exprimé son soutien au passage de un à trois pour le nombre de jours de carence pour les fonctionnaires. Sous couvert de prétendues contraintes budgétaires, le gouvernement poursuit son objectif de mise à mal de notre modèle social, à travers une nouvelle attaque frontale contre la Fonction publique et ses personnels. Le jour de carence est une mesure idéologique, qui a très largement montré ses limites et n’améliore pas la présence effective des personnels, en poussant les agents à se rendre au travail malades, au risque de provoquer par la suite un arrêt plus long. Voir ici le communiqué de la FSU, après les annonces de Guillaume Kasbarian.
La FSU réaffirme sa revendication d’abrogation du jour de carence.
La FSU appelle les parlementaires à rejeter l’ensemble de ces mesures régressives et mettra en débat dans le cadre intersyndical l’appel à des mobilisations les plus larges possibles pour y faire échec.



 Congé maladie ordinaire


Il est accordé sur certificat médical. Il faut prévenir l’établissement au plus tôt, et transmettre le certificat médical dans les 48 heures.

Pour les titulaires comme pour les contractuel∙les ayant un minimum de 4 mois de service, le droit à CMO est de 12 mois au total, sur une période de 12 mois glissants [1]  :

  • 3 mois à plein traitement,
  • 9 mois à mi-traitement.

Le demi-traitement est complété par les allocations journalières de la MGEN (en tout, 77% du traitement brut). Pendant le congé, le supplément familial et de l’indemnité de résidence sont maintenus.

Visite d’aptitude obligatoire pour la reprise, dès 6 mois de CMO.



 Congé longue maladie (CLM)


Le congé Longue Maladie (CLM) concerne uniquement les fonctionnaires (titulaires ou stagiaires).
Il est accordé pour les maladies ne figurant pas sur la liste des maladies ouvrant droit au CLD.
Le poste n’est pas déclaré vacant.

Le droit à CLM est de 3 ans au total :

  • 1 an à plein traitement
  • 2 ans à 60% du traitement (nouveauté, suite au décret 2024-641)

Le bénéfice des primes et indemnités est maintenu (33% la 1ère année ; 60% les 2ème et 3ème années) :

  • maintien des indemnités de résidence et du supplément familial,
  • maintien des HSA dans les mêmes proportions.

Les démarches :

  • Courrier demandant au Recteur le placement en CLM, envoyé par la voie hiérarchique,
  • Joint à ce courrier : un certificat médical simple, demandant le placement en CLM,
  • Envoi d’un dossier médical détaillé contenant un second certificat médical détaillé mentionnant l’histoire de la pathologie, les antécédents, les traitements en cours, tout élément expliquant la nécessité de ce congé.

NB : la procédure d’envoi diffère selon le département ! Le plus sûr est de se renseigner sur les modalités d’envoi auprès du service de gestion des arrêts maladie, voir adresses ci-dessous.



 Congé longue durée


Concerne uniquement les fonctionnaires (titulaires ou stagiaires).
Il est accordé, par périodes de 3 à 6 mois, pour certaines maladies figurant sur la liste des maladies ouvrant droit au CLD : poliomyélite, tuberculose, sida, cancer, maladies mentales.
Le poste est déclaré vacant au premier jour du congé longue durée.

Le droit à CLD est de 5 ans au total :

  • 3 ans à plein traitement
  • 2 ans à mi-traitement
    Pas de maintien des primes et indemnités.

Les démarches sont les mêmes que pour le CLM. 

  • Courrier demandant au Recteur le placement en CLD, envoyé par la voie hiérarchique,
  • Joint à ce courrier : un certificat médical simple, demandant le placement en CLD.
  • Envoi d’un dossier médical détaillé contenant un second certificat médical détaillé mentionnant l’histoire de la pathologie, les antécédents, les traitements en cours, tout élément expliquant la nécessité de ce congé (comme pour le CLM, la procédure d’envoi diffère selon le département ; se renseigner auprès des services de gestion des congés maladie).



 Les services de gestion des congés maladie



[1Calcul du nombre de jours à plein traitement en additionnant les congés obtenus depuis 12 mois.